学位证这个不是很重要,但是你是自考的的,日本不是所有的大学都承认中国的自考,只有一部分学校。当然若是你导师很欣赏你的话,那就另当别论了。
一般大学院的话,留学生都是先考取研究生,跟着导师做一段时间研究。所以你最重要的是找导师。日本的大学院是导师制的,他要你的话,基本没问题。不然就算你跟学校申请也没用。
中介的话一般还行,你看你提出的要求他们有没有做到。一般来说,还是挺重视自己的声誉的,一些大中介。