牡丹江师范学院硕士点有生物学、外国语言文学、数学、化学4个硕士学位授权一级学科。学院具有生物学一级学科硕士点,面向动物学、植物学、遗传学、微生物学和生物化学与分子生物学5个二级学科方向招收学术型研究生,同时招收学科教学(生物)专业硕士研究生。牡丹江师范学院硕士学位授权一级学科增至9个,涵盖硕士学位授权二级学科39个,硕士专业学位授权点增至4个,涵盖领域19个,硕士学位授权点覆盖6个学科门类,研究生教育工作覆盖16个二级学院。